Konjugaatio tarkoittaa kemiassa sellaista yhdisteen rakennetta, jossa kaksois- tai kolmoissidokset ovat yhteydessä toisiinsa yhden yksinkertaisen sidoksen kaltaisen sidoksen välityksellä. Konjugoituneissa systeemeissä sp2- ja/tai sp3-hybridisoituneen atomin p-orbitaalien peitto on suuri ja ne vuorovaikuttavat keskenään. Konjugaation katkaisee sp3-hybridisoitunut atomi. Konjugaatio vaikuttaa yhdisteen fysikaalisiin ja kemiallisiin ominaisuuksiin. Esitettäessä orgaanisten yhdisteiden rakennetta viivakaavalla konjugaatio ilmenee vuorottelevina yksin- ja moninkertaisina sidoksina. Konjugoituneissa systeemeissä sidoselektronit ovat usein delokalisoituneet. Konjugaatioon voivat osallistua myös vapaat elektroniparit ja siirtymämetalleilla d-orbitaalien elektronit.[1][2][3][4][5] Esimerkkejä konjugoituneista yhdisteistä ovat muun muassa bentseeni ja muut aromaattiset yhdisteet, eräät dieenit kuten butadieeni, polyynit, sekä α,β-tyydyttymättömät karbonyyliyhdisteet ja nitriilit.[3][4][5] Yhdistettä kutsutaan ristiinkonjugoituneeksi, mikäli se sisältää kolme rakenteellista ryhmää, joista kaksi eivät ole konjugoituneet keskenään, mutta ovat kummatkin konjugoituneena kolmanteen ryhmään[4].